"scripts": {
"cli": "wp-env run cli"
}
だとして、
npm run cli vi .htaccess
そして
php_value upload_max_filesize "8M"
2021/7/28 追記
最近 wp-env で vi しようとするとちゃんとモードが切り替えられずに送信コード?的なものがそのままバーっと入力されてしまうようになったので(原因は調べていません)、vi を使うのはやめて下記のコマンドで追加しています。
npm run cli "sed -i '1s/^/php_value upload_max_filesize "8M"\n/' .htaccess"